Aux

Вообще если честно, то надо хорошо разбираться во внутренностях используемой системы, а также в вопросах безопасности. Если вы сами никогда не проектировали вирусы и не знаете как проверить бинарик на заражение руками, то смысла заниматься этим мало.

У меня такого опыта нет, зато есть опыт участия со стороны сообщества. Чтобы так сделать, нужно выложить что-то очень интересное, качественное и инновационное. Например, таким проектом стал Ruby On Rails. А выкладывать что-то скучное и неинтересное широким массам смысла не имеет.

В PHP не бывает не ассоциативных массивов. Поэтому только проход.

Если настройки неизменны для всего времени пользования приложением, то писать их надо с помощью инсталлятора. Инсталлятор в любом случае просит элевацию прав через UAC.

Если эти настройки кто-то из пользователей захочет менять, то это повлияет на всех остальных пользователей данного компьютера и данной программы. Поэтому без UAC опять же никуда — пользователь должен осознавать, что он делает.

Ответ — никак. Дружите с UAC и не придумывайте костыли.