Atllantis

Ничего не понял.
Берите $_POST и добавляйте, в чём проблема?

На сколько знаю - никак!
Только либо в браузере (в загрузках), либо на сайте.

Как вариант: Local Storage

Ничего не понял, но копайте в сторону SSL.

Бредовый вопрос.
Отправляйте запрос куда угодно, но там куда его отправляете вызывайте auth::isAuth() и всё.
В чём проблема?

Если честно, то реализация ужасная!
readfile() читает В БУФЕР и выдаёт клиенту содержимое уже из буфера. И пока клиент не получит, буфер будет заполнен файлом и более того, если одновременно будет запрошено 1000 файлов по 2 Мб каждый... Думаю представляете сколько памяти потребуется для этого...
В место readfile() подменяйте ссылку (редирект) и возвращайте файл сервером. Т.о. настоящую ссылку на файл никто не увидит и файл будет отдаваться сервером, что однозначно лучше чем php скриптом.

WebRTC

Как вариант: "(.*?)\S"

Для начала прочитайте о массивах, поймите что это такое и вопросы отпадут сами собой.

В массивах находятся те данные, которые были переданы из PHP. А что было передано - смотрите в PHP.

Эмм... Чего?
php.net/manual/ru/function.json-decode.php
php.net/manual/ru/language.types.array.php

2-й вариант.
Запрос в query выполняется и возвращается результат. А дальше уже работаете с полученным результатом.

php.net/manual/ru/function.ksort.php

Я установил альтернативные версии PHP, но не могу их выбрать в конфиге сайта.

Можно полюбопытствовать, как вы их установили?
Если через ISP, то там же и можно переключаться между версиями. И выбирать нужно версии PHP, а не режим работы!

PHP код выполняется уже после того как отобразился div

О_о
Тут да же не знаю что ответить.

Если вы хотите что-то отправить на сервер и получить какое-либо значение в ответ, используйте AJAX.

В гугле забанили?