Есть простенькие программы типа Process Hacker, у него свой драйвер и он увидит скрытый процесс, но вы увидите ещё столько интересного, что без точного знания каждой строчки можете сделать ещё хуже.
Антивирусы тоже видят скрытые процессы и обычно реагируют на них негативно, так что сейчас чаще используют легальные проги нежели сокрытие процесса, либо внедрение в легальный процесс, что в разы безопасней.
Помню как три дня гонялся за полиморфным драйвером алкоголя. Когда поймал понял, для чего разрабы это сделали, много думал...