.wrapper>.black+.red+.blue
.wrapper{position: relative;}
.blue{position:absolute}
$(".cat1").css("background-color", changelogTotals_colors[0]);
$(".popupcontent").append(" <div class=\"changelogCategory cat1\">текст</div>\n" +");
еще раз вызовите $(".cat1").css("background-color", changelogTotals_colors[0]);
либо используйте дилегерирование.