Вам бы про
контекст наложения почитать, станет понятнее, как работает z-index.
А что конкретно можно сделать с вашим окном... можно поднять его выше в DOM-дереве, поставьте .modal-overlay на один уровень с .content, например (правда, после этого центрирование кнопки отваливается, но уверен, поправить не проблема).