var changelogTotals_colors = [
"#0099cc"
];
$(".cat1").css("background-color", changelogTotals_colors[0]);
$(".popupcontent").append(" <div class=\"changelogCategory cat1\">текст</div>\n" +");
$(".cat1").css("background-color", changelogTotals_colors[0]);
$(".popupcontent").append(" <div class=\"changelogCategory cat1\">текст</div>\n" +");
еще раз вызовите $(".cat1").css("background-color", changelogTotals_colors[0]);
либо используйте дилегерирование.