Anton Kuzmichev

Какая точность нужна?
Вообще, вижу 3 способа:
- от стартующего уходит запрос на сервер, в БД или куда-нибудь ещё ставится флаг "отсчёт начат". Те самые 10к клиентов периодически, раз в секунду к примеру, делают ajax-запрос на сервер и узнают, начался отсчёт или нет. Точность зависит от периодичности запросов + сетевые лаги. Особых требований к софту в этом случае нету, но должен быть хорошо настроен сам вебсервер, чтобы выдерживать такой поток запросов, пусть и очень лёгких.
- вебсокеты. Все ваши 10к клиентов имеют постоянное соединение с сервером, один из них по сокету посылает серверу сигнал "отсчёт начат", сервер сразу же рассылает его всем остальным. Тут уже надо настраивать демона, к которому собственно 10к клиентов и будут присоединены и который будет принимать и рассылать им сообщения. Точность зависит чисто от сети.
- есть еще dklab_realplexor от Котерова. Используются long polling-запросы, эдакие "вебсокеты для бедных", но вообще работает решение это неплохо. Сам использовал на продакшне, но на очень маленьких нагрузках, а вот tjournal.ru его использует для организации онлайн-трансляций, и там нагрузки значительно больше.

Loginza, uLogin - для авторизации через сторонние сервисы. C uLogin'ом как-то больше понравилось работать.
А если вы и правда хотите полноценную систему пользователей для самописного проекта, то и правда, напишите свою же)

$(document).on('click', '.target-class', function(e){
  // doit
})

InnoDB - транзакционное хранилище, и если вы явно не стартуете транзакцию, каждый ваш запрос неявно оборачивается в транзакцию (если не настраивать это иначе, в вашем случае, думаю такого не было). Если вы начнете явно открывать транзакцию перед вставкой ваших многих тысяч записей, и в конце коммитить, прирост по скорости будет раз в 100. Попробуйте так для начала, а про пропуски звучит, если честно, бредово как-то.