Единственное на данный момент решение - создание своего SwingWorker'а (спасибо patrick за его MySwingWorker).
Из плюсов - больше не выскакивает
Exception in thread "AWT-EventQueue-0" java.lang.OutOfMemoryError: Cannot allocate new FloatPointer(1895946), totalBytes = 80005726, physicalBytes = 3705155584
at org.bytedeco.javacpp.FloatPointer.<init>(FloatPointer.java:76)
...
at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:82)
Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Physical memory usage is too high (3725254656 > Pointer.maxPhysicalBytes)
...
Из минусов - всё равно не освобождается память по окончании потока.
