В ASP.NET сейчас все довольно быстро меняется, в настоящее время идет добавление кросс-платформенности, и ASP.NET 5 уже будет поддерживать линуксы. Поэтому если вы опасаетесь, что типа нужны обязательно Windows +IIS, то в скором времени это измениться. Хотя уже можно запускать проекты с некоторыми ограничениями с помощью Mono.
Цены на хостинг уже сейчас не сильно отличаются, зайдите хотя бы на reg.ru и сравните, там почти один в один цены.
Администрирование естественно будет различным в принципе. Одно дело загрузить скриптик php, другое дело весь даже небольшой проект на asp net и потом им управлять. Другое дело что и там и там никаких особых сложностей с администрированием не должно возникнуть.
Плюсы и минусы есть у обоих, но по большей части все плюсы и минусы являются субъективными, поэтому я бы не сильно акцентировался на них.
Для небольших проектов я бы посоветовал php, правда, тут многое зависит от того, что представляет проект и какое развитие в будущем для него планируется.