Настройки из инфоблока работают, если не заданы правила адресации в компоненте.
Проверьте пути в параметрах компонентов выводящих каталог на первом и втором сайте. Приведите в соответствие с реальной структурой.
А ответ на вопрос - у вас на несуществующие адреса выводится заведённая стандартно 404.php, на которой размещен компонент Карта сайта.
