Нашелся ответ, нужно было больше думать)
Я подозревал, что все дело в position.
Если у элемента position:absolute, то координаты считаются от любого родителя с position, отличного от static. Если такого родителя нет, то от начала сайта.
Таким образом, сделав для всех родителей position: static, dragger начал работать корректно. Но меня это не устраивало, так как шаблон рушился.
Затем я нашел функцию, при которой происходила данная ошибка, и заменил ОДНО слово - offset() на position(), во второй строке данного кода:
function onDraggerStart(event) {
var offset = markerElement.position(),
position = event.get('position');
// Сохраняем смещение маркера относительно точки начала драга.
markerOffset = [
position[0] - offset.left,
position[1] - offset.top
];
markerPosition = [
position[0] - markerOffset[0],
position[1] - markerOffset[1]
];
applyMarkerPosition();
}
Различия данных функций (offset() и position()), как раз таки отличаются тем, что offset - это координаты от начала сайта, а position() от родительского элемента.
Так как, наш dragger был position: absolute, а его родитель position:relative. Нам были необходимы координаты от родителя, что и решило мою проблему.