Добавь проверки в код,

let some = document. querySelector(".something");
if(some) {
   some.addEventListener("click",dosomething,true);
}

Но конечно же правильно подключать различающийся код на каждой странице отдельно

Поставь debug поочерёдно по строчкам кода пойми где всё ломается и сам найдёшь решение.

Не тут всё просто, у тебя ситуация простая связь один ко многим, одна область имеет много аптек а одна аптека имеет только одну область, в случае с лекарствами и аптекой подойдёт связь many to many так как одна аптека может иметь много лекарств, а одно лекарство в свою очередь может принадлежать к нескольким магазинам. Если раньше не работал с связю многие ко многим, то тут тебе нужно ещё создать связывающую таблицу где в полях у тебя будет что то типа
Id, аптека_id, лекарство_id