Arman

SCP?

Обычно гуляю по папкам с командой:
du -sh ./*

whoami ?

Можно, но думаю не стоит. Все изменения на продкашн должны быть осознаны (фиксации), а ваше игры с цветами кнопок зачем на продакшн?

И вас с Новым.
У вас нет файла ../sys/core/init.inc.php и ../html/main.inc.php либо нет прав на чтение, а (include_path='.:/usr/share/php:/usr/share/pear') это альтернативные пути, для всяких либ больше, чтоб везде подключить можно было

Что логи говорят? Почему именно sendmail? может postfix легче поставить?

Единственное что меня смущает в error.log, так это то, откуда в конце URL берется index.php

Отсюда
index index.php;
Попробуйте location /blog добавить try_files с правилами Wordpress. - кучу статей есть.
Просто нет правила, что если нет файла, то какой адрес след пробовать

Ну явно тогда код в скриптах, grep по файлам может не помочь, так как в основном такие вещи не в открытом виде. Лучше смотреть на последние измененные и новые файлы и колбасить от них. А почему apache запускаете от пользователя? Может его запустить от другого юзера и дать права на запись только там где надо? Еще бы советовал поставить какую нибудь систему версионности (git, mercurial), тогда в одну команду сможете найти изменения в скриптах и новые файлы. Конечно надо будет поставить исключения на файлы где храните контент-файлы юзеров (фото и т.д.)