Github в частности и Git вообще это инструмент, а не ч*номерка, поэтому можно дать следующие советы:
- стоит ли в отдельный репозиторий под названием "учебный" выкладывать коды, где я решаю учебные задачки/упражнения?
Обязательно, вы делаете это прежде всего для себя, что бы видеть развитие проекта и свои прежние ошибки, или видеть отброшенные идеи, которые возможно понадобятся позже, не комментировать же этот код.
- как правильно выложить проект, сделанный на Qt? Просто тупо всю папку проекта скинуть в репозиторий?
IDE вам поможет, как правило там еть очень хорошая интеграция.
Впрочем на самом гите есть шаблоны .gitignore для многих типов проектов, просмотрите их и модифицируйте под себя
- стоит ли выкладывать уже готовую папку с exe'шником без участия Qt, чтобы просто запустить приложение?
Не стоит, даже файлы данных и документацию лучше туда не складывать, бинарные файлы пусть хранятся где то снаружи, не раздувая обьем репозитория.
Для релизов как правильно заметили есть специальная ссылка, релизы