C# и мощнее и проще во всех отношениях. Каждый раз выбирая JS вы выбираете всю боль динамической и при этом одновременно нестрогой типизации.
Кроме того, C# разработан тем же человеком, что разрабатывал раньше Delphi.

Код один и тот же. Разница между этими сборками в лицензировании и поддержке. Лучше берите OpenJDK.