Возможно, стоит попробовать пойти по книжке "Изучаем PHP и MySQL" (серия "Head First" O'Reilly). Там как раз пошаговая разработка PHP проекта с пояснениями. Некоторые решения в этой книге весьма спорные, но главный результат от неё - вы начнёте писать реально работающий PHP-код, т.е. перейдёте наконец к практике. И появится понимание, что и зачем.
То есть на самом начальном этапе, мне кажется, лучше просто пробовать решать какие-то задачи, делать учебные проекты на языке, абы как, лишь бы работало. Тогда появится понимание языка в первом приближении.
А уже когда будет это понимание, тогда уже имеет смысл переходить от учебного г**нокода к созданию каких-нибудь веб-приложений на хороших фреймворках, которые дадут понимание качественной структуры кода.