Надо пробовать ещё по руке. А то может случиться, что мышь для вас либо мала, либо велика.

Мне кажется, что вам нужно понять, как работает сам пользовательский интерфейс. Тут должны быть базовые шаблоны, классы и вызовы. Всё-таки окна и любой элемент пользовательского интерфейса это тоже всего рода отдельные приложения, активно взаимодействующие с ядром другого приложения. Попробуйте изучить все поведения элементов из Visual Studio. Там они очень хорошо описаны и сделать хотя бы базовый набор исходя из полученного изучения. Например, окно имеет определённый набор кода, чтобы отрисовывать на экране дисплея, где могут быть вызовы на события, изменения свойств и так далее. И ещё вам надо в первую очередь поработать с кадровым буфером (framebuffer). Без него никак нельзя. Все графические механизмы проходят перерисовку через этот буфер. В общем, для начала вам надо поработать с кадровым буфером. И выводить через него на экран монитора.
То, что вы делаете, это очень даже хорошо. Важно не останавливаться и сохранять интерес к этому делу. Шаг за шагов вы можете достичь большего. Москва же не сразу строилась.

Это нужно для разъёмов B-типа, а также micro. USB 3.1 Типа С предусматривает возможность зеркального подключения (чтобы не было суперпозиции при подключении) и плюс дополнительные линии, поэтому и кажется, что там больше.

1. Да, современные операционные системы игнорируют сегментную организацию в пользу плоской модели памяти, разбитой на страницы. Но оставили пару сегментов для виртуальных машин. Этим дело и ограничивается. Сегментная организация памяти была хороша в те времена, когда нужно адресовать память больше, чем позволяет 16-разрядный процессор. К тому же плоская модель память удобней и проще для переносимости приложений в различные архитектуры.
2. PE -- это, по сути, структура самой программы при загрузке, указывает операционной системе, что и куда размещать в памяти и что подгрузить. Что-то вроде таблицы трансляций.
В Linux используется ELF-формат, если не ошибаюсь.
3. Для гарантированной работы приложения в системе обычно используют соглашения и рекомендации. В 32-разрядной системе ещё можно получить к ним доступ. Но лучше их не трогать. Так как никто не знает последствия. Но на уровне системного программирования знание может быть очень полезным, особенно в сфере безопасности. А вот в 64-разрядной системе они выключены кроме пары сегментных регистров для контекста.