Apostol63

header('Content-Description: File Transfer');
header('Content-Type: application/octet-stream');
header('Content-Disposition: attachment; filename=' . $fileData[0]['file_name']); 
header('Content-Transfer-Encoding: binary');

1. Вот это о чем говорит?
   ответ здесь:
   https://stackoverflow.com/a/40886619
   
2. В PyCharm активировано виртуальное окружение, а пакет через системную консоль поставлен глобально. Следовательно его не видно в виртуальном окружении.
   

начните с этого, может поможет

SELECT dta.id, dta.doc_name, dta.doc_title, dta.link, dta.status, GROUP_CONCAT(DISTINCT dty.doc_id ORDER BY dty.doc_id ASC SEPARATOR ', ') AS type_id
FROM doc_table dta
INNER JOIN docs_types dty ON dta.id=dty.doc_id
GROUP BY dta.id;

или

SELECT dta.id, dta.doc_name, dta.doc_title, dta.link, dta.status, GROUP_CONCAT(DISTINCT t.type_name ORDER BY t.id ASC SEPARATOR ', ') AS type_name
FROM doc_table dta
INNER JOIN docs_types dty ON dta.id=dty.doc_id
INNER JOIN types t ON t.id=dty.type_id
GROUP BY dta.id;

При открытии приложения из места встраивания в обработчик улетает $_REQUEST, в котором лежат параметры PLACEMENT => CRM_DEAL_LIST_MENU (место встраивания) и PLACEMENT_OPTION => {"ID":"123"} (id элемента).

Тут подробней: https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php...
Еще есть метод в JS-библиотеке BX24.placement.info() - также возвращает место встраивания и ID.