Работаю в компании, где порядка 50 сотрудников удаленщики. Учет времени идет по Jira - время ставит сам программист. Учет идет так:
Приходит готовая таска
Идет код ревью
Ревьювер чекает адекватность оценки времени
Если есть вопросы, то уточняется, в чем была сложность
За 3 года уволили только одного разраба, который "попал в пустыню печали и скорби", и просто две недели ничего не делал.
__
Лучше иметь одного лида(сеньора), который будет чекать адекватность оценок времени и принимаь задачи, нежели устраивать себе дрочильни со скринкастами, тайп-таймерами и прочее (на проверку всего этого тоже ведь время надо тратить). Вам же надо, чтобы задачи были сделаны, а не измерить то, сколько программист работал, сколько обедал, сколько фоточки тян смотрел, а сколько посрать ходил.