БЭМ + Git + CruiseCountrol спасут вас

Нашел сам решение - делать выборку asArray()

$model = Post::find()->with('comments')->asArray()->all();

В этом случае в json переводятся и дочерние объекты.

Кроме вышеперечисленных очень сильный отдел проектирования и дизайна у AIC