я всегда все переделываю под себя, и системы и документацию - прежде всего, чтобы было удобно и эффективно работать мне,
пару-тройку лет наводишь порядок, потом ищешь другие места и проекты и там снова наводишь порядок
а поскольку требования к своему комфорту у меня выше, чем у других, то по итогам все в плюсе - экономия для компании часто составляет десятки и сотни тысяч долларов, причем сама компания не всегда это осознает, так что не стесняйтесь предъявлять реальные цифры
бывают места, где даже нет шансов заикнуться об улучшениях, народ привык гнать шлак и вынуждает тебя делать то же самое, тогда быстро ищешь более адекватное место работы