продолжить ли верстку с подключенным бутстрап или же нужно переделать
По всей видимости у вас там каша.
Кашу выдавать как готовый сайт... некрасиво чтоль.
Очень возможно, что на вашу верстку влияет сброс стилей, который тянет за собой бутстрап (normalize).
Вы можете удалить бутстрап и подключить normalize (или только нужные его части) самостоятельно.
Не надо так..
Есть специальный тег <link rel="stylesheet" href="style.css">
2. Зачем header'у абсолют? Ему и так, в потоке, будет очень хорошо.
3. У того же header задано свойство clear: right, у кого-то там еще float...
Не надо, зачем эти мучения из прошлого века?
Для сетки используйте flex и grid.
Дмитрий Чайников,
Простой ответ это сделать элемент блочным (на самом деле и этого ответа недостаточно, но сойдет, потому что это одна из характеристик блочных элементов).
В сложном варианте рассказать про нюансы box-sizing, дочерние элементы флексов, абсолюты и т.д.
Скорее всего будет достаточно дать понять, что понимаете, что будет в разных ситуациях.
Ваш ответ без историй про display и box-sizing я бы не приняла точно.
И вы считаете, что мы сможем не смотря в код сказать в чем проблема?
Говорю: что-то имеет ширину большую, чем body.