Взять и запустить. Только надо галочку "parallel run" поставить в run configuration. Или несколько run configurations создать. Но если у Вас программа, например, что-то пишет в файл с фиксированным именем, то ССЗБ. Или запустить первый раз, потом "приколоть" вывод, чтобы не стерся при следующем запуске, потом запустить второй раз. Не очень понятно, что вам надо.