Андрей

так как MDC статический класс данные перезаписывались и снова каша

Это не так - MDC использует ThreadLocal, поэтому значения в нем для каждого потока свои собственные, поэтому в лог файле для каждого сообщения будет выведен именно тот самый ид, который был указан в MDC именно для того потока, который сообщение и породил.

Каша, скорее всего, возникает просто от того, что параллельные потоки пишут параллельно и в итоге в логах записи каждой конкретной сессии не идут все подряд, а перемежаются с другими сессиями.
Но это совершенно нормально для логов в параллельной среде. Ид сессии в логи добавляют вовсе не для упорядочивания, а для того, чтобы потом было легко извлечь логи, относящиеся к определенной сессии. В простейшем варианте это делается через grep %session% file.log. Если система порождает множество ращнообразныз логов, то применяют системы вроде Splunk для упрощения поиска по множеству файлов и организации всех логов в единую базу.

log4j.appender.asyncLog=com.log.AsyncAppenderHelper
ПОможет ли он?

Интересно почему какой-то сторонний класс (судя по пакету), а не AsyncAppender из самого log4j.
Но тем не менее, это не поможет: задача, которую решают AsyncAppender-ом - это накапливать сообщения в памяти и потом пачкой записывать их на диск (RollingFileAppender - это синхронный appender и он пишет все сообщения в файл сразу же). Порядок сообщений при использовании AsyncAppender никак не меняется - они по прежнему идут в том порядке, в каком было порождены.

Хм, не понимаю, зачем так усложнять себе жизнь cron-ом, если init.d скрипт пишется за 5-20 минут в зависимости от навыков: либо копипастой одного из имеющихся скриптов, либо по гайдам раз и два.
К примеру, мой /etc/init.d/yadisk

#!/bin/sh -e
### BEGIN INIT INFO
# Provides:          yandex_disk
# Required-Start:    $local_fs
# Required-Stop:     $local_fs
# Default-Start:     2 3 4 5
# Default-Stop:      0 1 6
# Short-Description: Manage Yandex.Disk deamon
### END INIT INFO

# Various constants
user=yadisk

execute() {
    su -c "$1" "$user"
}

start() {
    echo "Starting Yandex.Disk daemon..."
    execute "yandex-disk start"
}

stop() {
    echo "Stopping Yandex.Disk daemon..."
    execute "yandex-disk stop"
}

status() {
    execute "yandex-disk status"
}

# Carry out specific functions when asked to by the system
case "$1" in
  start)
    start
    ;;
  stop)
    stop
    ;;
  status)
    status
    ;;
  restart)
    stop
    start
    ;;
  *)
    echo "Usage: $0 {start|stop|status|restart}"
    exit 1
    ;;
esac

exit 0

Главное не забыть после этого выполнить
update-rc.d yadisk defaults