Хм, не понимаю, зачем так усложнять себе жизнь cron-ом, если init.d скрипт пишется за 5-20 минут в зависимости от навыков: либо копипастой одного из имеющихся скриптов, либо по гайдам раз и два.
К примеру, мой /etc/init.d/yadisk

#!/bin/sh -e
### BEGIN INIT INFO
# Provides:          yandex_disk
# Required-Start:    $local_fs
# Required-Stop:     $local_fs
# Default-Start:     2 3 4 5
# Default-Stop:      0 1 6
# Short-Description: Manage Yandex.Disk deamon
### END INIT INFO

# Various constants
user=yadisk

execute() {
    su -c "$1" "$user"
}

start() {
    echo "Starting Yandex.Disk daemon..."
    execute "yandex-disk start"
}

stop() {
    echo "Stopping Yandex.Disk daemon..."
    execute "yandex-disk stop"
}

status() {
    execute "yandex-disk status"
}

# Carry out specific functions when asked to by the system
case "$1" in
  start)
    start
    ;;
  stop)
    stop
    ;;
  status)
    status
    ;;
  restart)
    stop
    start
    ;;
  *)
    echo "Usage: $0 {start|stop|status|restart}"
    exit 1
    ;;
esac

exit 0

Главное не забыть после этого выполнить
update-rc.d yadisk defaults