Почему файл php долго применяет изменения?

Нужен вывод phpinfo();

Как выбрать конкретный input среди множества?

Форму лучше этого не сделать (если конечно сначала отправить инпут, а потом чекбоксы)

Как выбрать конкретный input среди множества?

Dreaded, вы хотите чтобы отправились все выбранные чекбоксы + тот текст с которым нажали кнопку?
Без javascript не обойтись

Как выбрать конкретный input среди множества?

Если без javascript, то это единственный вариант.

Как одну переменную встроить в другую?

Не видел ваш последний комментарий.

Попробуйте
str_replace('$name', $name, $command);

Как одну переменную встроить в другую?

Пример пожалуйста

Как одну переменную встроить в другую?

Запрос куда?

Можно ли использовать vue и библиотеки?

Похоже здесь нет золотой середины.

Если используется однофайловые компоненты, проблем думаю не будет.