Alexis_D

Сделай не метку на карте, а отдельный элемент, позиционированный в центре контейнера с картой. Тогда он не будет ездить при перетаскивании. По завершении перетаскивания - смотреть координаты центра карты, это считать как место где стоит указатель

const [ coord, setCoord ] = useState(...);

function onActionTickComplete(e) {
  const projection = e.get('target').options.get('projection');
  const { globalPixelCenter, zoom } = e.get('tick');
  setCoord(projection.fromGlobalPixels(globalPixelCenter, zoom));
}

<Map
  onActionTickComplete={onActionTickComplete}
  ...
>
  <Placemark geometry={coord} />
</Map>

https://codesandbox.io/s/sweet-khayyam-zqwy8?file=...

Скорее всего код удаления класса будет выглядеть так:

$('.close-popup').on('click', function(event){
    $('.clicked').removeClass('clicked');
    event.stopPropagation();
  });

PS: Обратите внимание на наличие дескриптора event во входном параметре обработчика события.
PPS: Справка по теме всплытие и погружение в JS.

Ну, как-то так, например, через animation.
https://jsfiddle.net/tco41obk/

Немного доработал, чтобы линия не пропадала.
https://jsfiddle.net/gw534udp/