Не совсем понимаю суть вашей проблемы, но , вот простой пример. Мы удаляем строки (просто кликая по ним). Когда строк не остается - таблица-таки еще на месте ))
если данные для таблицы получаете по ajax - посмотрите , что происходит при сортировке. Если у вас идет запрос к серверу, то не удивительно, что вы снова получаете полный набор (включая удаленные строки). Т.е вам нужно удалять строки и в БД, например.
