Разница между платной и бесплатной версией действительно только во всплывающем окне, но не стоит удивляться отсутствию каких-то благ за 70$. Этой суммой вы выражаете благодарность создателям программы и не более. Возможно, есть еще пункт в лицензии о том, что бесплатная версия только для небольших компаний и частных разработчиков, но я не вчитывался.
По поводу Atom = Sublime. В большинстве вопросах этой действительно так. Если обратить внимание на многочисленные обзоры то можно с уверенностью сказать, что с развитием Atom даже в чем-то превзошел Sublime, но все же незначительно уступает ему в быстродействии.
Таким образом нет никакой разницы что вы используете. Как и нет гарантии того, что в следующей версии Atom появится такой же поп-ап.