А можно уточнить, а для чего выносить настройки бд наружу?Чтобы обслуживать ваше приложение могли не только вы, но и другие сотрудники, например, администраторы. Мало ли у них будут изменения в инфраструктуре, например, переезд на более мощный сервер. В противном случае придётся бегать за вами, чтобы вы поменяли настройки в приложении, да ещё и пересобрали его. Лично я предпочитаю сделать, написать документацию, отдать и забыть. Ибо других забот хватает. Каждый должен заниматься своим делом.
подскажете, как организовать настройку этого самого persystance unit именно "внутри" приложенияПрямо сходу не могу ответить. Во-первых не приходилось сталкиваться. Во-вторых вот прямо сейчас совершенно нет времени заниматься JPA. Ну и немного намёк на поиск инфы - в документации что-то сказано про хранение persistence-unit в war или там напрямую запрещено это делать?