Я не знаю ответа на этот вопрос, но, в конце концов, зачем Вам подсветка клавиш? Научитесь слепому методу печати и не парьтесь больше о подсветке.

У меня что-то подобное было на Debian, когда я добавил пользователя, но при этом не создал домашнюю директорию.