Двойного обложения налогом тут точно не будет. ИП и есть физическое лицо, вы вправе были принять оплату на карту, поэтому ничего никуда переводить смысла нет. Платите только один раз и как ИП по установленной ставке в соответствии с применяемым объектом налогообложения. Слабо верится, что к вам возникнут вопросы, но просто будьте на всякий случай готовы объяснить, что это доход от предпринимательской деятельности (создали сайт на заказ). В отношении таких доходов ИП освобождаются от обязанности по уплате НДФЛ и платят в рамках своего налогового режима.

И ещё вот что скажу. Однажды мне приснилось, что я разработал для себя сайт, несколько лет развивал его, продавал рекламу и т.д. Потом он мне надоел и я его тоже продал через Телдери, а налоги вообще не заплатил ни копейки. И все нормально. Повторяю, это мне только приснилось ; )