Александр

Видимо, в моем случае возможен только "плохой вариант" - $compile.
Как я ни пытался по-другому приладить директиву на родину, ничего не вышло.
С помощью официальной доки сделал следующее:

Объявление модуля

var arm = angular.module("arm", ["jqwidgets"], function($compileProvider) {
  $compileProvider.directive('compile', function($compile) {
    return function(scope,element,attrs) {
      scope.$watch(
        function(scope){
          return scope.$eval(attrs.compile);
        },
        function (value) {
          element.html(value);
          $compile(element.contents())(scope);
        }
      );
    };
  });
});

В контроллере, который создает окно jqxwindow, определяем html:

$scope.showWindow = function (pageName) {
      $rootScope.jqxWindowSettings.apply('open');
      $rootScope.html = ('<div class="' + pageName + '"></div>');
};

После этого у меня в модальном окне стали динамически подгружаться нужные директивы в зависимости от значения pageName.
Думаю, что вышеприведенный код еще можно причесать для большей красоты, пока еще этим не занимался и не очень понимаю, как оно работает.. Но работает :)

Решение нашел сам.

Кусок файла с Ангуляром
Было:

arm.controller("armController", function ($scope) {
    $scope.jqxWindowSettings = {
      maxHeight: 1000, maxWidth: 1000, minHeight: 350, minWidth: 350, height: 200, width: 200,
      resizable: true, isModal: false, autoOpen: false, collapsed: true, modalOpacity: 0
    };
    // show button click handler.
    $scope.showWindow = function () {
      $scope.jqxWindowSettings.apply('open');
    };
    // Ok button click handler.
    $scope.Ok = function () {
      $scope.jqxWindowSettings.apply('close');
    };
    // cancel button click handler.
    $scope.Cancel = function () {
      $scope.jqxWindowSettings.apply('close');
    };
  });

Стало:

arm.controller("armController", function ($scope,$rootScope) {
    $scope.jqxWindowSettings = {
      maxHeight: 1000,
      maxWidth: 1000,
      minHeight: 350,
      minWidth: 350,
      height: 200,
      width: 200,
      resizable: true,
      isModal: false,
      autoOpen: false,
      collapsed: true,
      modalOpacity: 0
    };
    // show button click handler.
    $scope.showWindow = function () {
      $rootScope.jqxWindowSettings.apply('open');
    };
    // Ok button click handler.
    $scope.Ok = function () {
      $rootScope.jqxWindowSettings.apply('close');
    };
    // cancel button click handler.
    $scope.Cancel = function () {
      $rootScope.jqxWindowSettings.apply('close');
    };
  });