первый(правильный) вариант: Используйте стандартные механизмы роутинга angular для подгрузки таких темплейтов. Тогда и проблемы не будет.
второй(плохой) вариант: используйте сервис
$compile
третий(что-то среднее между первым и вторым): использовать
ng-include.
