Галп, как и сам проект хранится в удаленном репозитории. По надобности подтягивается оттуда, редактируется и пересобирается.
Если у сайта бэкенда нету, то собранные файлы просто заливаются на сервер.
Если есть бэк - то правки должен применить и бэкер в своих файлах
По идее минифицированные файлы трогать не нужно. Для этого и нужен исходник проекта. Но если очень надо - вместе с минификацией файлов создавайте их карты (map). Тогда в отладчике хрома, да и любого другого браузера код не будет выглядеть минифицированным