Вопрос наверное должен стоять по другому.
Нарисован ли дизайн вообще под какую либо сетку. Если дизайнер соблюдал определнные правила (отступы, размеры колонок и т.д. ) можно сделать на бутстрап - если брать стили то там вообще много того что не потребуется особенно если дизайн не под UI бутстрапа.
1. Дизайнер рисовал по сетке ( пусть и сам которую придумал ) скачиваете исходники sass / less подключаете к проекту нужные ( предположительно в данном случае только grid - и его зависимости ). Дальше в переменных указываете стандарты которые использовал дизайнер. Но это при том, что дизайнер добрый чел и рисовал по сетке все.
2. Когда дизайн откровенно не по сетке, сразу желательно предупредить заказчика о том, что сетки нету, определенных стандартов нету. Вариант А - получит не соответствие по отступам ( имею ввиду речь о пиксель в пиксель - не возможна ). Вариант Б - получите бутстрап используете только сетку так же, но для себя в дизайне выделяете приемущественный стандарт под который будете костамизировать сетку, т.е. блоки в котрых сетка одинаковая - выделяете их по максимум и делаете под нее сетку бутстрапа. Для остальных ручками ( + согревая уши дизайнера ) дописываете сами.
Выбираете из двух зол меньшее, но сколько работаю - очень редко попадаются макеты под UI бутстрапа. Много всего отсеивается и по сути получаешь только привычну сетку ( как альетрнатива можно сгененрировать ее на сайте бутстрпа и не париться и не тащить весь css / js, а только сетку. ) Так и делаю в основном :)