Посоветую Pyrus.

Уже обсуждали на Toster. Прост, удобен, функционален и подходит для пользователей с любым уровнем подготовки.

По обозначенным приоритетам могу однозначно посоветовать Pyrus workflow:

1. Очень удобная маршрутизация задач и подзадач с разграничением прав доступа.
2. Роли с возможностью запрета редактирования маршрутизации в зависимости от типа пользователя (руководитель-сотрудник).
3. Да.
4. Создавать workflows можно сколько душе угодно. Доступы и роли также могут быть гибко настроены.
5. Saas (веб-версия и мобильные приложения для iOS, Android, Windows Phone).
6. Бесплатный для 2-пользователей и очень доступный для большего количества (от 9 руб. в день). При этом, при регистрации начисляют бонус в 1000 рублей для полноценной пробы.

И самое главное - даже не будучи IT специалистом или администратором, легко настроить все процессы самостоятельно через визуальные редакторы в системе.

Вам верно говорят, что работать фрилансером-разработчиком и руководить коллективом - это не одно и то же. Не факт, что не получится, просто подход надо менять на управленческий.

Теперь по вопросам:

1. По поводу CRM и системы автоматизации рабочих процессов - использует Пайрус в связке с amoCRM. Эти 2 инструмента полностью закрывают весь спектр активностей по управлению задачами и бизнес процессами и, кроме того, все контакты и карточки клиентов хранятся в одном месте.

2. Если работать командно, то лучше начинать работать в офисе. Можно и удаленно - но в этом случае немного теряется координация и взаимосвязь.

3. Можно попробовать взять бухгалтера сначал на аутсорс.

И все же сайт видимо кто-то хакнул. На этой странице JS () - все, что между ним - результат хака, Надо все прибить и проверить другие файлы на сайте на предмет заражения. Сменить пароль FTP/SSH и выяснить утечку информации.

Использую Pyrus. По пунктам, что есть:

Основные требования:

1. Есть.
2. Есть.
3. Есть.
4. Есть.
5. Нет, но и не надо в случае наличия остального.
6. Есть.
7. Есть.

По желательным требованиям также все есть, в том числе, бесплатная версия. Помимо этого очень важным преимуществом является возможность не только управления задачами, но и создания и запуска бизнес-процессов при помощи визуального редактора, чем пользуюсь регулярно. Минусы: коробочная версия только в самом дорогом пакете.