Вы не очень понимаете что такое образ докера. Образ докера содержит всё для запуска приложения, кроме ядра ОС (ядро используется из хост-системы). А в зависимости от того как собирали образ - может быть и что-то лишнее, нафиг не нужное для запуска приложения. Но автору образа было лень это выпиливать из него (или он на это забил). Собственно вот и вся разница. И те библиотеки, которые у вас уже есть в системе (и которые вы не учитываете при расчетах занимаемого им места) - докер притащит с собой (это наверняка будут другие версии библиотек, но факт в том что он их с собой притащит). Например, если вы говорите о Java-приложении, в системе наверняка есть JVM. И вы увидите только размер jar-файла и каких-то обвязок вокруг него. А в докере это будет плюс JVM, плюс библиотеки для JVM, плюс, плюс, плюс... Вот и набегает размер образа.
Общий размер образов докера можно сократить, если все образы будут использовать одну и ту же базу (в терминах докера layer). Но это отдельная тема, в которую я сейчас углубляться не буду.