Андрей Павленко

<?php
$file_handler = fopen('test_123456.php', 'a+');
define('FILE_HANDLER', $file_handler);
echo fgets(FILE_HANDLER, 50);

Ну вот. Поведение вполне рабочее на PHP 7.1. Но вопрос: "зачем?" (сразу вспоминается картинка с троллейбусом, сделанным с буханки хлеба).
Поэтому и предупреждают - да, так сделать можно. Да, иногда так будет работать. Но предвидеть все случаи мы не можем, поэтому от греха подальше не делайте так.

Добавить новую колонку для пароля, например, password_new.
Для пользователей, у которых password_new пустой, но есть старый пароль - при первой успешной авторизации переводить пароль (который нам прислали в POST-форме) в password_hash и очищать поле md5.
Постепенно все активные пользователи начнут использовать новый алгоритм.
Также есть метод с костылями - все существующие md5-хеши перевести в password_hash, а уже при авторизации делать md5 пароля и затем уже проверять с помощью password_verify.
Да, это немного костыли, но решение более простое.

Перевести эту задачу инструментам, которые умеют этим заниматься.
Вариант: "запустить самостоятельно PHP-скриптом и подождать" не сработает, если видео большое.
Нужно:
1) создать очередь файлов, которые нужно обработать (ищите решение RabbitMQ или, по-проще, Redis)
2) определенный скрипт принимает задание от очереди и передает эту задачу скрипту ffmpeg
3) когда обработка завершена - делаем об этом запись в базу данных
4) Если нужно при этом отдать сам файл - все это время пользователь смотрит на анимацию загрузки и с помощью AJAX, например, проверяем время от времени, сконвертировался файл или нет. Ну или если есть желание - используем long-polling (гуглите)

Изучать RabbitMQ, ну или хотя бы Redis с использованием очередей. С помощью Supervisor держать в памяти скрипт-обработчик, который это будет делать.
www.justincarmony.com/blog/2012/01/10/php-workers-...
stackoverflow.com/questions/20741614/message-queue...

Кроме, собственно, AJAX, заодно погуглите о pjax, там тоже можно делать запросы формы без полной перезагрузки страницы.

Потому что в кодировке utf-8 нужно использовать функцию mb_stripos и не забыть при этом указать кодировку в функции

Не знаком с Phalcon, но все же...
Вы не забыли добавить в тег формы multipart/form-data ? https://ru.wikipedia.org/wiki/Multipart/form-data
Нужно добавить к тэгу формы атрибут enctype="multipart/form-data". Просто это популярная ошибка. Сам ее допускал несколько раз, и готов был рвать волосы на голове...
https://webref.ru/html/form/enctype вот тут еще информация

Обертку стоит написать, так как возможно нужно будет перейти на другую систему кеширования (например, на Redis), и наличие обертки будет менее затратным, если вообще не сведется к переписыванию одного файла.
Другой вопрос - есть ли у вас опыт в том, чтобы написать качественную обертку?
Третий вопрос - я бы посмотрел существующие обертки и обратил внимание на стандарт PSR-6, о котором уже написал Александр.