Кинь в корень проекта файлик
.browserslistrc
примерно следующего содержания:
> 1%
last 2 versions
ie11
А в настройки
'@babel/preset-env'
добавь:
useBuiltIns: 'usage'
Дальше babel будет сам подключать нужные полифилы для заявленных браузеров. Если он конечно в принципе правильно подключён и работает.
Конкретно по зоопарку либ у тебя - нет так быть не должно, но бывает. Если работает - можешь в принципе забить, однако если есть время - лучше начать чистый проект со свежего стартового пресета и перенести в него код.