AdvoKappa

Вас не смущает, что у вас функции просто дублируются? Линтер не подсвечивает?
У вас две функции старт, два апдейт дата и тд

users[str(user.id)]["level"] = lvl_end

discord.ext.commands первым аргументом в команду всегда передает commands.Context.

Вся суть расширения commands в отсутствии необходимости работы с обработкой сообщений и аргументов команд в них

Сделайте переменную users глобальной.

Например, объявив её после os.chdir(r'D:\Sublime Text 3\testbot-master'):
users = {}

В итоге, код команды должен выглядеть примерно так:

@bot.command()
async def Rank(ctx, user: discord.Member):
    experience = users[str(user.id)]['experience']
    lvl_start = users[str(user.id)]['level']
    lvl_end = int(experience ** (1/50))
    await ctx.send(':thumbsup: {}, Ваш уровень: {} :thumbsup:'.format(user.mention, lvl_end))
    users[str(user.id)]['level'] = lvl_end

Ошибка MissingRequiredArgument будет возникать в случае, если введенной команде не хватает аргументов:
!Rank вызовет в данном случае ошибку
!Rank @DiscordTag#0000 - нет

Если вам необходимо чтобы команда срабатывала без аргумента - сделайте его необязательным, задав стандартное значение, например "None" (не забудьте в данном случае обработать это самое None в коде самой команды):

@bot.command()
async def Rank(ctx, user: discord.Member = None):
    if not user:
        user = ctx.author
    ...

А так же:
В текущей версии discord.py аргумента pass_context у команд нет, аргумент контекста передается первым автоматически всегда

from discord.ext.commands import Bot - неиспользуемый импорт в этом коде

Ошибка KeyError означает что указанного ключа в указанном словаре не существует.

Что делать?

Обновить словарь, добавив необходимый ключ если его не существует:

async def add_coins(users, user, coin):
    if str(user.id) not in users:
        users[str(user.id)]['coins'] = 0
    users[str(user.id)]['coins'] += coin

Не сравнивать число со строкой.

Очевидно, не вызывать await за пределами функции.

user.id это ведь число изначально? Число не является правильным ключом при json.dump()

Изначально в коде словарь выглядит так:
{293396418834464768: {"experience": 5, "level": 1}}

После дампа, он запишется в файл как
{"293396418834464768": {"experience": 5, "level": 1}}

Соответственно, если прочитать такой файл и закинуть в

async def update_data(users, user):
    if not user.id in users:
        users[user.id] = {}
        users[user.id]['experience'] = 0
        users[user.id]['level'] = 1

То он создат новый объект (ибо после прочтения ключ меняется в строку "293396418834464768", а проверяется числовой 293396418834464768)

Наглядно видно тут:

import json


data = {1: 'value'}


with open('test', 'w') as f:
    json.dump(data, f)

print(data)


with open('test', 'r') as f:
    data = json.load(f)

print(data)

Вывод:

{1: 'value'}
{'1': 'value'}

ps: код не читал полностью, может в другом ошибка, на быструю руку написал

Функция принимает только один параметр, message. Вы передали два

https://discordpy.readthedocs.io/en/latest/api.htm...

with open('users.json', 'r') as f:
Укажите полный путь к файлу