Если пользуетесь Winbox, в меню System есть функция Auto Upgrade. В этом меню можно прописать на конечных роутерах адрес и пользователя с вашего центрального роутера, а на нём в Files положить те пакеты, которыми вы хотите обновляться.
Через терминал это выглядит так:
system upgrade upgrade-package-source add address=1.1.1.1 user=upgrade-user
После идёт запрос пароля.
Останется только закинуть скрипт в System/Scheduler для скачивания и перезагрузки.