Внутренний формат .dot файла описывает топологию. Вершины и связи. Но их положение на экране
не относится к графу. И этот дизайн не хранится внутри dot файла. Утилиты из семейства graphviz рисуют
"как бог даст" согласно их пониманию дизайна.
Я не знаю ни одного редактора который способен хотя-бы просто показать граф. При количестве вершин
например за миллион его просто невозможно нарисовать быстро. Десктопы умирают от такой задачи.
Но если тебе надо просто красивов расположить штук 10 узлов для презентации например - то бери
SVG/Inkscape и делай красоту там.
Для работы с графом как с базой данных (поиски фактов) можешь посмотреть по ключевым словам
SparQL, Neo4j, Apache Tinkerpop.
