Колхоз на коленке:
- таблица: id - слово (уникальный индекс)
- таблица: база товара (1 или 2), артикул (индекс), id слова в таблице слов.
Для каждого товара из каждой базы разбиваете название на слова, для каждого из них делаете запись в обеих таблицах. Получится несколько миллионов записей, это не так страшно и не так долго, если не косячить с запросами.
Потом по артикулам первой базы запрашиваете артикулы второй, у которых во второй таблице больше всего записей с id прописанных для первого артикула слов. Из десятка лидеров выбираете вручную сопоставление.