Библиотек не знаю, но, если правильно понял задачу, опирался бы в решении на следующие подсказки:
1) Сделать инструмент консольным
2) Пройти по каждому товару в первой базе и вывести возможные совпадения по второй
3) Для получения совпадений разбить название на слова, короткие отбросить, по остальным составить условие типа такого: LIKE % word1 % AND LIKE % word2 % AND LIKE % word3 % и т. д.
4) Опираясь на количество совпадений и порядок следования слов вывести процент схожести по каждой позиции
5) Предоставить input, где можно будет ввести ID совпадения вручную или выбрать позицию с наибольшим совпадением по мнению скрипта, просто нажав Enter.
Вот, в принципе, и всё. Только, исходя из своего опыта, скажу что 20000 это реально много для ручной обработки, даже с таким скриптом))