Давно в него не заглядывал. Решил посмотреть сейчас. Для этого (чтобы не возиться с ручным набором) попробовал что-нибудь импортировать. Выбрал файл odt (язык русский для всего документа установлен), импортировал. LyX показал мне его в виде \cara \cyrb и т.д. Посмотрел настройки, выставил русский язык, кодировку UTF-8. Ничего не изменилось. Нафиг. Я лучше в LaTeX, там всё работает без бубна.
Японский Городовой: Мне-то это не надо объяснять, я пользуюсь LaTeX много лет, git тоже использую, хотя он всё же больше для программного кода, а не для языков разметки подходит. Но я (мягко говоря) не уверен, что такое решение можно советовать направо и налево, особенно если нет нужды верстать такого типа документы, где LaTeX естественен в качестве выбора. На мой взгляд, если уж выбирать в качестве основы документооборота какой-то язык разметки, то лучше присмотреться к каким-то Lightweight ML плюс соответствующие средства конвертации/публикации: pandoc, publican...
Git - это система управления версиями. Соответственно, может использоваться как дополнительный инструмент, но никак не система вёрстки.
Если много математических формул в тексте - LaTeX крайне рекомендуется. В противном случае можно попробовать какой-либо облегчённый язык разметки. Но если много технических иллюстраций (графики, диаграммы, схемы и т.п.), то их всё равно лучше делать средствами LaTeX companion (PGF/TikZ, METAPOST, etc), т.е., в этом случае всё же LaTeX опять предпочтительней.