Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Потому что что-то приводит к зависанию.
P.S. Каков вопрос - таков и ответ.
Неизвестно ничего ни о железе, ни о конфигурации, ни о работающих программах, да вообще ничего неизвестно, кроме версии использованной OS. Гадать о причине зависания по кофейной гуще? Или надёжнее по внутренностям свежезарезанного животного?
Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Проверьте пользователя/группу у нужного файла. Видимо они поменялись. Почему - без понятия, это целое расследование нужно, да ещё и без подробных данных что происходило в системе...
Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Проще всего установить пакет lrzsz, и использовать команду sz filename.ext, конечно если ваш терминальный клиент поддерживает Z-Modem (или Y-Modem, или X-Modem).
Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Для проверки - сделайте простую команду: wget https://database.clamav.net/
Если внутри скачанного файла не будет фразы "Access Denied" - тогда да, вас не блокируют, пробуйте freshclam ещё раз, возможно вы просто попались ограничителю количества коннектов к серверу.
Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Если в логах есть отправка писем, но нет сообщений о подключении клиента, отправляющего это письмо - значит письмо сгенерировано и отправлено самим сервером. Ищите дыру/взлом в скриптах WEB-сайта, и т.д.