Александр

//Проверяем есть ли запущенные процессы скрипта контроллера
if (getCurrentProcTasks(basename(__FILE__)) > 2) {
    exit("Уже есть запущенные копии контроллера\n");
}

while (true) {
    // do somethings
    // тут легко можно запускать отдельные скрипты, которые выполняются дольше 5 секунд через exec
    sleep(5);
} 

function getCurrentProcTasks($php_file)
{
    $proc = [];
    $cmd = 'ps aux | grep "' . $php_file . '"';
    exec($cmd, $proc);
    $count = count($proc);
    return $count - 2;// 2 - это системные строки, возникающие в результате работы команды grep.
}

$file = '/path/to/file/file_name';
$string = 'Тут постоянная строка, которая всегда должна быть первой';
file_put_contents($file, $string); //Создаст или перезапишет файл
foreach ($new as $newone) {
    $string = $newone;
    file_put_contents($file, $string, FILE_APPEND | LOCK_EX); //Добавит строку в файл
}