--user - пользователь внутри контейнера.
Чтобы запускать контейнер от пользователя qwerty, надо либо sudo -u qwerty docker run, либо su qwerty, и потом запускать контейнер.
Дело в Package pin, чтобы обновить, надо удалить его в /etc/apt/preferences.d/
З.Ы. При обновлении апач рестартнется.
З.З.Ы. Скорее всего конфиг нового апача не совместим со старым. И после установки он остановится и не запустится.