Чтобы что-то советовать нужно знать конкретную библиотеку, программу которая у вас делает
преобразование html в pdf. В большинстве случаев это большое упрощение
от стандартного броузера.
Надеюсь Вы понимаете, что в pdf уже нет никаких дивов.
Ближе всего к пониманию структуры pdf - формат PostScript для принтера.
Нарисуй линию от координат таких то до координат таких.
Выведи текст шрифтом с именем таким-то , размером таким-то с этой координаты.
Нарисуй в квадратике таком-то картинку.
Все координаты и размеры описываются в пунктах (1/72 дюйма)
Отсюда следствие, или генерировать pdf напрямую или подгонять верстку под то, как ее может переварить конвертер